Μνεία στην ονομασία (Οίνια) κάνουν αρκετοί ιστορικοί και περιηγητές, όπως ο Θουκυδίδης και ο Παυσανίας.και πιθανόν προέρχεται από τους αμπελώνες της Ταναγραϊκής. Η αναφορά των ιστορικών πιθανόν να οφείλεται στις φονικές μάχες που έλαβαν χώρα στην περιοχή μία εκ των οποίων έγινε το 457 π. Χ.

Ο οικισμός καταγράφεται κατά την τουρκοκρατία με την ονομασία Στανιάτες και τούτο δικαιολογείται από το γεγονός, ότι η περιοχή  φιλοξενούσε τις πεδινές στάνες (χειμαδιά) των Δερβενοχωριτών ποιμένων.

Εξήντα δύο ημέρες μετά τη μάχη της Τανάγρας, όπου οι Θηβαίοι με τους Λακεδαίμονες και τους συμμάχους τους, πέτυχαν «πύρρειο» νίκη επί των Αθηναίων στην περιοχή του Ελεώνα, οι Αθηναίοι εμφανίστηκαν ξανά στη Βοιωτική γη. Επωφελήθηκαν από την αναχώρηση των Σπαρτιατών και πέρασαν τα βοιωτικά σύνορα και τον Ασωπό ποταμό και αντιμετώπισαν τους Θηβαίους και τους συμμάχους τους κοντά στα Οινόφυτα, τον Αύγουστο το 457 π.Χ.
Το τέχνασμα του Αθηναίου στρατηγού Μυρωνίδη, που διέπρεψε τον προηγούμενο χρόνο στη Μεγαρίδα, έτρεψε τους Βοιωτούς σε φυγή, με πρώτο το περίφημο ιππικό των Θεσσαλών.
Ο Μυρωνίδης έτρεξε προς το δεξιό τμήμα του στρατού του και φώναξε «Νικώμεν κατά το Ευώνυμον».
Ο Διόδωρος αναφέρει ότι οι Βοιωτοί ήταν εξαιρετικοί πολεμιστές και αντίπαλοι των Αθηναίων και δεν υπολείπονταν των «κατά τας των δεινών υπομονάς και τους πολεμικούς αγώνας». Ο δε  Αριστείδης λέγει «Βοιωτοί δε, ουκ αντέσχον, αλλά ηττηθέντες εν Οινοφύτοις, υπέκυψαν μετ’ αυτών Φωκαείς και Λοκροί, νίκη μια».
Τα αποτελέσματα της μάχης ήταν σπουδαία από στρατηγικής απόψεως και κατέστησαν τους Αθηναίους κυρίαρχους στην περιοχή. Κυρίευσαν την πόλη της Τανάγρας και κατεδάφισαν τα τείχη της. Παρέκαμψαν την ισχυρή Θήβα και κατέλυσαν τις αρχές σ’ όλες τις πόλεις της Βοιωτικής Κοινοπολιτείας.
Οι μάχες της Τανάγρας και των Οινοφύτων σε διάστημα δύο μόνο μηνών, είχαν μεγάλο αντίκτυπο και στους δύο εμπόλεμους, αφού οι μαχητές που αγωνίσθηκαν και έπεσαν στο πεδίο της μάχης, ήταν περισσότεροι απ’ αυτούς που έπεσαν στους αγώνες κατά των Περσών στο Μαραθώνα και τις Πλαταιές.

Στο διάβα των αιώνων η επιστημονική έρευνα και η καταγραφή περιηγητών, παρουσιάζει αδιάλειπτη κατοίκηση της περιοχής με εμφανή ακόμη και σήμερα απομεινάρια των οικισμών που αναπτύχθηκαν πολύ κοντά στους σημερινούς του Αγ. Θωμά, του Κλειδίου και των Οινοφύτων.

Καταγραφές από τη Ρωμαϊκή εποχή αναφέρονται στις συγκρούσεις μεταξύ του Ρωμαίου στρατηγού Σίλα εναντίον του Πόντιου βασιλιά Μιθριδάτη, ενώ μετά την άλωση της Πόλης από τους Φράγκους 1204 μ.Χ. (περίοδος σταυροφοριών) η περιοχή διοικείται ολοκληρωτικά πρωτίστως από τους Φράγκους υπό τον Όθωνα ντε λα Ρως, δούκα των Αθηνών.

Αργότερα η περιοχή περνάει στα χέρια των Καταλανών (Ισπανών).
Οι επικοινωνίες της εποχής επιτυγχάνονταν με αυτές των αντίστοιχων Φρυκτοριών με καπνό την ημέρα και φωτιά το νύχτα. Χαρακτηριστικός ο διχαλωτός πύργος που υπήρχε μέχρι τον Φεβρουάριο του 1942 στο λόφο των Αγίων Αναργύρων, οπότε κατεδαφίστηκε, προκειμένου να στηθεί το γερμανικό ραντάρ. Δείγμα τέτοιου πύργου έχει απομείνει το εκκλησάκι του Αγίου Θωμά στο δέλτα του Ασωπού ποταμού και του παραπόταμού του Θερμόδοντα(Λάρης).
Ακολουθεί ιταλική κατοχή υπό τη δυναστεία του Νέριο Ατζαγιόλι και τέλος η οθωμανική περίοδος στην οποία η περιοχή, όπως και όλη η Βοιωτία περνάει στη δικαιοδοσία του Σουλτάνου.

Κ. Στανιατών Ν. Αττικής και Βοιωτίας

ΦΕΚ 262Α – 31/08/1912 Σύσταση της κοινότητας με την απόσπαση του οικισμού Στανιάταις από το δήμο Τανάγρας και τον ορισμό του ως έδρα της κοινότητας
ΦΕΚ 179Α – 30/08/1927 Ο οικισμός Στανιάταις της κοινότητας μετονομάζεται σε Οινόφυτα. Η κοινότητα μετονομάζεται σε κοινότητα Οινοφύτων
Κ. Οινοφύτων Ν. Αττικής και Βοιωτίας
ΦΕΚ 179Α – 30/08/1927 Η κοινότητα προήλθε από τη μετονομασία της κοινότητας Στανιατών
ΦΕΚ 223Α – 26/07/1943 Η κοινότητα αποσπάται από το νομό Αττικής και Βοιωτίας και υπάγεται στο νομό Βοιωτίας
Κ. Οινοφύτων Ν. Βοιωτίας
ΦΕΚ 223Α – 26/07/1943 Η κοινότητα αποσπάσθηκε στο νομό Βοιωτίας από το νομό Αττικής και Βοιωτίας
14/03/1971 Αναγνώριση του οικισμού Δήλεσι και προσάρτησή του στην κοινότητα Οινοφύτων
ΦΕΚ 133Α – 20/08/1994 Η κοινότητα αναγνωρίζεται σε δήμο Οινοφύτων
Δ. Οινοφύτων Ν. Βοιωτίας
ΦΕΚ 133Α – 20/08/1994 Ο δήμος προήλθε από την αναγνώριση σε δήμο της κοινότητας Οινοφύτων
ΦΕΚ 244Α – 04/12/1997 Ο οικισμός Κλειδί αποσπάται από την κοινότητα Κλειδίου και προσαρτάται στο δήμο
Ο οικισμός Άγιος Θωμάς αποσπάται από την κοινότητα Αγίου Θωμά και προσαρτάται στο δήμο
ΦΕΚ 87Α – 07/06/2010 Ο οικισμός Άγιος Θωμάς αποσπάται από το δήμο και προσαρτάται στο δήμο Τανάγρας
Ο οικισμός Οινόφυτα αποσπάται από το δήμο και προσαρτάται στο δήμο Τανάγρας
Ο οικισμός Δήλεσι αποσπάται από το δήμο και προσαρτάται στο δήμο Τανάγρας
Ο οικισμός Κλειδί αποσπάται από το δήμο και προσαρτάται στο δήμο Τανάγρας
Ο δήμος καταργείται

Στη Ρωμαϊκή εποχή από το 146 π.Χ. έως το 330 μ.Χ., όλη η περιοχή, με επικεφαλής την Τανάγρα, έτυχαν ευρείας αυτονομίας.Αναταραχή υπήρξε το 87 π.Χ., όταν ο Ρωμαίος στρατηγός Σίλας, αντιμετώπισε στην περιοχή το βασιλιά του Πόντου Μιθριδάτη και τον κατανίκησε δύο φορές. Τότε η περιοχή λεηλατήθηκε άγρια από τους δύο στρατούς και υπέφερε τα πάνδεινα.Το 84 π.Χ. με τη συνθήκη του Δήλεσι, ο Πόντιος βασιλιάς απεχώρησε και η περιοχή ανέπνευσε.

Το 1204 μ.Χ. τα κράτη της δύσης, στην προσπάθειά τους να ελευθερώσουν , όπως έλεγαν , τους άγιους τόπους, με αρχηγό τον Πάπα Ιννοκέντιο τον Γ’, βρήκαν την ευκαιρία να καταλύσουν τη Βυζαντινή αυτοκρατορία και να τη διαμοιράσουν μεταξύ τους! Η Βοιωτία, μαζί με την Αθήνα, απετέλεσαν το Δουκάτο των Αθηνών, με πρωτεύουσα την ακμάζουσα Θήβα. Ο Γάλλος αριστοκράτης της Βουργουνδίας Όθων Ντε Λα Ρως και η δυναστεία του, είχαν υπό την κατοχή τους την περιοχή για 107 ολόκληρα χρόνια από το 1204-1311 μ.Χ., κυβέρνησαν σαν φεουδάρχες έχοντας τους κατοίκους της περιοχής είλωτες στα κτήματά τους. Κάθε ιδιοκτησία που κατείχαν μεταβιβαζόταν ή πουλιόταν μαζί με τα ακίνητα και το προσωπικό. Το 1311 έως το 1387, για 87 χρόνια, την περιοχή κατείχαν οι Καταλανοί.Ήταν Ισπανοί από την περιοχή της Καταλανίας, στα σύνορα της Ισπανίας και της Γαλλίας.’νθρωποι σκληροί και άξεστοι, προκάλεσαν ακόμα και τον αφορισμό του Πάπα και απεκλήθησαν από αυτόν «γιοι της απώλειας» και «έκβρασμα της ανθρωπότητας», όταν ενόχλησαν τους Ενετούς της Εύβοιας και τα συμφέροντα του Πάπα! Η ελληνική λαϊκή μούσα, εκφράζοντας το μίσος, την απέχθεια και το φόβο, διέσωσε το «σε χέρια Καταλανού να πέσεις». Στην εποχή τους, γίνεται ο εποικισμός στην Αττική και στη Βοιωτία, των Ελλήνων-Αρβανιτών, με διετή ατέλεια, κατόπιν εντολής του βασιλιά της Αραγονίας την 31 Δεκεμβρίου 1382 μ.Χ. (Της Καταλανικής εποχής κατάλοιπα, είναι οι Διχαλωτοί πέτρινοι τεράστιοι πύργοι επικοινωνίας (με καπνό την ημέρα και φωτιά τη νύχτα, καταλλήλως ελεγχόμενα), που σώζονται και σήμερα στην Αττική και Βοιωτία. Στην Πάρνηθα υπάρχουν στην Πάνακλο, στη Φυλή θέση Φάλεμι, στο Κατσιμίδι, στη Βαρυμπόμπη και στο Λιμικό. Επίσης, στη Μαζαρέκα, στη Σαλονίκη, Παληομήλεσι, Αλεμάνι, Μπάφι και Μπελούτση. Στον Αγιο Θωμά (Λιάτανι), στου Γκινοσάτι και στην Πύλη. Στα Οινόφυτα, στον ομώνυμο λόφο, κυριαρχούσε ψηλός διχαλωτός πύργος, που για τις ανάγκες του πολέμου, έπεσε στα πέτρινά του γόνατα το απόγευμα της 1ης του Φλεβάρη το 1942. Τα υλικά του, έγιναν υλικό για τα πολυβολεία των Γερμανών και τους στρατώνες τους, καθώς και για το στήσιμο του RADAR στην κορυφή του λόφου.) Τους Καταλανούς διαδέχθηκαν οι Ιταλοί, με τη δυναστεία των Ατζαγιώλη από το 1387 έως την Τουρκική κατοχή. Ο Νέριο Ατζαγιώλη, εγκαθιστά Έλληνες Αρβανίτες στην Πάρνηθα, το κλειδί του Λεκανοπεδίου των Αθηνών, καθώς και στην πεδιάδα του Ασωπού ποταμού. Επιλέγει επίκαιρα σημεία της περιοχής και μεριμνά για την επάνδρωσή τους, όπως την οδό Ασπροπύργου Σχηματαρίου, στα υψώματα Βίγλα και Κάστρο. Επίσης, στη Μαλακάσα, στην Αυλώνα, Μαζαρέκα και Καβάσιλα.

Στην Τουρκοκρατία, η πλούσια γη της Βοιωτίας περιήλθε στην κυριότητα του Σουλτάνου. Τα ευφορότερα τμήματα γης διανεμήθηκαν στους Τούρκους αξιωματικούς, που διέπρεψαν στις μάχες.Πολλοί Έλληνες, διατήρησαν μικρές μόνο περιουσίες που καλλιεργούσαν και απέδιδαν το 1/5 της παραγωγής στο Σουλτάνο. Τιμητική εξαίρεση απετέλεσε η περιοχή των Δερβενοχωρίων, που δεν κατακτήθηκε από τους Τούρκους, αλλά παρεδόθη κατόπιν συνθήκης. Αποτέλεσμα αυτού, υπήρξε η διατήρηση των ιδιοκτησιών και η υποχρέωση προς το Σουλτάνο, ως φόρο υποταγής, μικρού μόνον ποσού 100 γροσιών «στην άκρη του ξίφους».Είχαν δε τιμής ένεκεν, σχετική αυτονομία και απετέλεσαν καθ’όλη τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας, καταφύγιο και άσυλο για τους κατοίκους της ευρύτερης περιοχής και των Οινοφύτων. Αυτός φαίνεται πως ήταν ο λόγος που εξηγεί γιατί τα Οινόφυτα και οι γύρω οικισμοί είχαν ερημωθεί την εποχή αυτή και ουσιαστικά δεν ήταν παρά μερικές λασποκαλύβες με άφθονους ληστές και περισσή αθλιότητα. Τη σχετική εικόνα, μας δίνει παραστατικότατα η περιγραφή του Γάλλου περιηγητή DE LOIR, που το 1639 μαζί με το Γάλλο πρεσβευτή στην Κωνσταντινούπολη και τη συνοδεία τους, πέρασαν από την περιοχή στο δρόμο της επιστροφής τους από τη Χαλκίδα στην Αθήνα. «Βρήκαν στο πέρασμά τους από τα αρβανίτικα χωριά, άφθονους ληστές που δεν ήταν παρά οι πεινασμένοι κάτοικοι της περιοχής. Που και που, μέσα στο σκοτάδι της μιζέριας και της δυστυχίας, λίγα λυμφατικά φώτα, από τα λαδοφάναρα, μέσα στις άθλιες λασποκαλύβες, με το χωμάτινο δάπεδο, που στέγαζαν μαζί ζώα και ανθρώπους. Οι κάτοικοι, Αρναούτηδες , όπως τους ονομάζουν , είναι φοβισμένοι και καχύποπτοι και μοιράζονται μαζί τους, το λιτό φαγητό τους. Λίγο ψωμοτύρι και δροσερό νερό». Αυτές οι λασποκαλύβες που ήταν οι στάνες των Δερβενοχωριτών για τα χειμαδιά, φαίνεται πως έδωσαν το όνομά τους στα Οινόφυτα, που τότε ονομάζονταν Στανιάτες. Αλλες πηγές θέλουν την ονομασία από αρβανίτικη πλευρά, που όμως δε φαίνεται ν’ ανταποκρίνεται στην πραγματικότητα. Όπως και να έχει η κατάσταση πάντως, φαίνεται ότι τα Οινόφυτα ή Στανιάτες καθώς και τα υπόλοιπα πεδινά χωριά της περιοχής είχαν ερημωθεί στην Τουρκοκρατία. Έτσι εξηγείται και το γεγονός ότι στον αγώνα του 1821 έχουμε τα ονόματα λίγων αγωνιστών, μεταξύ των οποίων εξέχουσα θέση κατέχει ο οπλαρχηγός «Καπετάν» Ιωάννης Λιάπης, για τις υπηρεσίες του οποίου η πατρίδα του παραχώρησε αγροτική έκταση 400 στρεμμάτων στη θέση «Σούλι» των Θηβών και η οποία αργότερα ανταλλάχθηκε με αυτή του αγωνιστή Βόγλη , στη θέση Λάκα στα Οινόφυτα.Το Κοινοτικό Συμβούλιο Οινοφύτων, θέλοντας να τιμήσει τη μνήμη του, έδωσε το όνομά του σε έναν από τους κεντρικούς δρόμους της Κοινότητας.Αντιθέτως με το 1821, μεγάλη συμμετοχή αγωνιστών από τα Οινόφυτα έχουμε στους Βαλκανικούς αγώνες, στον 1ο Παγκόσμιο Πόλεμο, στην άτυχη εκστρατεία του 1920-22 στη Μικρά Ασία και στον 2ο Παγκόσμιο Πόλεμο.